海外からの空路での渡航客のほとんどが、ニノイ・アキノ国際空港Ninoy Aquino International Airportに到着します。空港にはNAIA１とNAIA2の二つのターミナルがあります。空港には26の主要な国際線が就航しています。台湾、香港、日本やその他諸国からのチャーター便も乗り入れています。
フィリピン航空Philippine Airlinesは、国際線及び国内線ともにNAIA2に発着します。19カ国26都市と、42の国内各都市とを結んでいます。
その他の国際線は、NAIA１ターミナルの発着です。空港内には免税店、レンタカーサービス、観光客向けのインフォメーションセンター、チャーター便サービスのカウンターなどがあります。
市内の移動は難しくありません。究極のフィリピンを体験したいなら、至る所でジプニーに乗ることができます。ジプニーの天井は低いので、背の高い人は乗り心地が悪いかもしれません。タクシーを利用することもでき、料金も手ごろですが、市内の交通渋滞はひどく、あまりおすすめできません。同じ理由で、マニラを自分で運転するのは避けたほうが賢明です。特に、市内を縦横に走る路地の運転に慣れない人はなおさらです。
シンプルで効率的、さらに低料金の鉄道は3路線あります。ライトレールには、LRT１とLRT２の2路線があります。LRT1はバクラランBaclaran～カルーカンCaloocan間、LRT2はサントランSantolan～レクトRecto間です。途中駅も多くあります。メトロレール(MRT)は、タフトアベニューTaft Avenue～ケソンシティQuezon City間を運行しています。
多くのバス会社が、エアコン付きのバスを運行しています。車内でテレビ番組や映画が放映されているバスもあります。路線の種類も豊富です。FXと呼ばれるミニヴァンもあり、ジプニーと同様、乗合制ですが、エアコン付きです。タクシーよりは割安です。
トライシクルも市内で多く見られます。低排気量のバイクにサイドカーが付いていて、サイドカーに二人、運転手の後ろに一人乗ることができます。ジプニーが入らないエリアでよく見かけます。乗客は、貸し切りまたは他の乗客と料金をシェアすることもできます。